Algumas distribuições Linux, tais como Ubuntu Server, por padrão não permitem o login do usuário Root no SSH.
Para permitir o acesso Root via SSH edite o arquivo sshd_config:
vim /etc/ssh/sshd_config
Em seguida, procure pela diretiva PermitRootLogin e altere para a seguinte forma:
PermitRootLogin yes
Agora reinicie o serviço SSH:
service ssh restart
Pronto!