Si usas suPHP sabrás que todos los ficheros deben tener permiso 644 y los directorios 755.
Para solucionar este problema, vaya a la carpeta en la que desea aplicar los permisos anteriores de forma masiva y ejecute los siguientes comandos:
find . -type d -print0 | xargs -0 chmod 0755 # Aplica recursivamente a permissão 755 para os diretórios
find . -type f -print0 | xargs -0 chmod 0644 # Aplica a permissão 644 para todos os arquivos